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1，适用地区不同：
入金证(自由行)只能去金门、马祖、澎湖三个区域，入台证(自由行)能去台湾区域：台湾本岛。
2，使用时间不同：
入金证(自由行)指定时间3天内出发，最长停留期15天，入台证(自由行)有效期3个月，最长停留期15天。
3，办理价格不同：
入金证(自由行)费用比入台证(自由行)便宜，具体办理手续及价格看签证板块。
赴金门旅游可以直接办理“入金证”而非“入台证”。“‘入金证"只需要2-4个工作日，和“入台证”相比，“入金证”不仅办理周期短，而且收费也较低。
扩展资料：
入金证办理所需材料：
1、申请书(办理人的职业、电话，要填写清楚)，如果办理人是退休人员需要提供退休证，2张2寸白底彩照(照片要求：额头至下巴3.2-3.6cm);
2、申请人身份证清晰复印件(要有正反面);
3、申请人户口本复印件，要全本;
4、紧急联系人座机号码，手机号码，身份证复印件(正反面)、全本户口本复印件;
5、简易行程(需要船班时间，到金门的住宿地址和电话，如果是去亲戚、朋友那里的话需要亲戚、朋友的姓名、地址和联系方式)。
参考资料：百度百科-入台证
牛云 -
一.入金证（自由行）只能去金门、马祖、澎湖三个区域，入台证（自由行）能去台湾区域：台湾本岛。
二入金证（自由行）指定时间3天内出发，最长停留期15天，入台证（自由行）有效期3个月，最长停留期15天
三.入金证（自由行）费用比入台证（自由行）便宜，具体办理手续及价格看签证板块。
四、赴金门旅游可以直接办理“入金证”而非“入台证”。“‘入金证"只需要2-4个工作日，和“入台证”相比，“入金证”不仅办理周期短，而且收费也较低。
五、入台证办理入台证需按要求提供相关资料扫描件给代办机构：
1.身份证 正反面
2.台湾通行证，需尚余6个月以上有效期。
3.个人旅游签注，事由为G签注(个人旅游)之通行证。
4.照片1张，最近2年内2寸白底彩色照片(脸部需明显清楚，不能修饰) 。
5.年满20岁需提供财力证明。(三项符合一项即可)
一、有人民币5万元以上之银行或金融机构存款证明。(存款需冻结至回国后即可)
二、有大陆银行或金融机构开立核发金卡之证明文件。
三、年工资所得12万5千元以上之薪资证明文件。(出具此证明需再附上公司营业执照)
6.其随行之直系血亲及配偶应附与申请人之全户户口簿及亲属关系证明。
7.如在校学生应提供目前就读学校之学生证或在学证明，无需出示财力证明未满20岁者需附上直系亲属(父母)同意书。
8.简要行程表有代办机构有帮忙提供。
9. 紧急连络人以同户亲属担任为原则，申请时请一并检附居民身份证及全户户口簿和紧急连络人的连络电话。
10.已投保旅游的保险单或证明文件。
特别提示：现在入台证可以办理一年多次签，条件是过去一年内曾赴台个人游两次的大陆游客，就可不限次数办理多次签入台。一年多签入台证的办理价格为1800元人民币。
END
六、入金证办理所需材料：
1、申请书（办理人的职业、电话，要填写清楚），如果办理人是退休人员需要提供退休证，2张2寸白底彩照（照片要求：额头至下巴3.2-3.6cm）；
2、申请人身份证清晰复印件（要有正反面）
3、申请人户口本复印件，要全本
4、紧急联系人座机号码，手机号码，身份证复印件（正反面）、全本户口本复印件；
5、简易行程（需要船班时间，到金门的住宿地址和电话，如果是去亲戚、朋友那里的话需要亲戚、朋友的姓名、地址和联系方式）；